L'interface Zotero est structurée par défaut en trois colonnes. 

La colonne de gauche "Ma bibliothèque" regroupe l'ensemble des références collectées.

• Il est possible d'organiser les références en "collections" avec des dossiers et des sous-dossiers 
  
• Un dossier "Non classés" réunit les références qui n'ont pas été enregistrées dans une collection
  
• Un dossier "Mes publications" peut recueillir les travaux de l'utilisateur
  
• Une corbeille
  

La colonne centrale  affiche le contenu du dossier ou du sous-dossier sélectionné dans la colonne de gauche. 

La colonne de droite affiche le détail d'une référence sélectionnée dans la colonne centrale. L'utilisateur peut modifier et/ou compléter les informations enregistrées.